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title: "分子動力学・ライブラリ・シミュレーション仮説"
url: https://simulation-hypothesis.com/ja/library/molecular-dynamics
description: "分子動力学とは、原子や分子をコンピューター上でシミュレートする方法です。経験的な力場を使って、ニュートンの運動方程式を、たいていフェムト秒の時間刻みで進めます。計算化学の主力です。"
license: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
credit: "Ross Allan Dahl、シミュレーション仮説（simulation-hypothesis.com）"
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## 物理学と計算

# 分子動力学

定義

分子動力学とは、原子や分子をコンピューター上でシミュレートする方法です。経験的な力場を使って、ニュートンの運動方程式を、たいていフェムト秒の時間刻みで進めます。計算化学の主力です。

このサイトでは

原子の段階では、標準的な全原子の数字、つまり原子ひとつにつき、フェムト秒のステップあたり約1000回の演算を使います。

モデルの中での役割

原子の段階は、化学者が実際にタンパク質をシミュレートするときに使う、原子あたり・フェムト秒あたりの演算回数を使っています。違いは規模です。化学者は、数百万個の原子を、マイクロ秒の間シミュレートします。サンドボックスが求めるのは、惑星全体を1世紀です。

関連

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ツリーの中で

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## 用語の背後にいる人々

14本の短いページ。思想家ごとに1本で、それぞれに対応するダイヤルがあります。[読書リスト](https://simulation-hypothesis.com/ja/reading)もご覧ください。

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