Molekulardynamik
Molekulardynamik ist eine Methode, Atome und Moleküle auf einem Computer zu simulieren. Sie rechnet die Newtonschen Gleichungen mit empirischen Kraftfeldern vorwärts, meist in Zeitschritten von Femtosekunden. Sie ist das Arbeitspferd der computergestützten Chemie.
Die Stufe Atom verwendet den üblichen Allatom-Wert von etwa tausend Operationen pro Atom und Femtosekunden-Schritt.
Die Stufe Atom verwendet die Operationen pro Atom und Femtosekunde, die Chemiker tatsächlich nutzen, wenn sie ein Protein simulieren. Der Unterschied ist der Maßstab. Sie simulieren Millionen Atome für Mikrosekunden. Die Sandbox verlangt einen ganzen Planeten über ein Jahrhundert.
14 kurze Seiten, eine pro Denker, jede mit dem passenden Regler. Siehe auch die Leseliste.