دینامیک مولکولی

دینامیک مولکولی راهی برای شبیه‌سازی اتم‌ها و مولکول‌ها روی رایانه است. معادلات نیوتن را با میدان‌های نیروی تجربی، معمولاً در گام‌های زمانی فمتوثانیه، جلو می‌برد. اسب بارکش شیمی محاسباتی است.

پلهٔ اتم رقم استاندارد تمام‌اتمی را به کار می‌برد: حدود هزار عملیات برای هر اتم در هر گام فمتوثانیه.

پلهٔ اتم همان عملیات برای هر اتم در هر فمتوثانیه را به کار می‌برد که شیمی‌دان‌ها واقعاً هنگام شبیه‌سازی یک پروتئین به کار می‌برند. فرق در مقیاس است. آن‌ها میلیون‌ها اتم را برای میکروثانیه‌ها شبیه‌سازی می‌کنند. جعبه‌شن یک سیارهٔ کامل را برای یک قرن می‌خواهد.