分子动力学

分子动力学是在计算机上模拟原子和分子的一种方法。它用经验力场，把牛顿方程一步步向前推进，通常以飞秒为时间步长。它是计算化学的主力。

原子这一档用的是标准的全原子数字：每个原子每个飞秒步长约一千次运算。

原子这一档，用的是化学家模拟蛋白质时实际使用的每原子每飞秒运算次数。差别在规模。他们模拟几百万个原子，持续几微秒。沙盒要的是一整颗行星，持续一个世纪。