分子動力学

分子動力学とは、原子や分子をコンピューター上でシミュレートする方法です。経験的な力場を使って、ニュートンの運動方程式を、たいていフェムト秒の時間刻みで進めます。計算化学の主力です。

原子の段階では、標準的な全原子の数字、つまり原子ひとつにつき、フェムト秒のステップあたり約1000回の演算を使います。

原子の段階は、化学者が実際にタンパク質をシミュレートするときに使う、原子あたり・フェムト秒あたりの演算回数を使っています。違いは規模です。化学者は、数百万個の原子を、マイクロ秒の間シミュレートします。サンドボックスが求めるのは、惑星全体を1世紀です。