Dinâmica molecular
Definição
A dinâmica molecular é uma forma de simular átomos e moléculas num computador. Avança as equações de Newton com campos de força empíricos, geralmente em passos de femtossegundos. É o cavalo de batalha da química computacional.
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O degrau do Átomo usa o valor padrão de todos os átomos, de cerca de mil operações por átomo por passo de femtossegundo.
Papel no modelo
O degrau do Átomo usa as operações por átomo por femtossegundo que os químicos realmente usam ao simular uma proteína. A diferença é a escala. Eles simulam milhões de átomos por microssegundos. O sandbox pede um planeta inteiro ao longo de um século.
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