Dynamique moléculaire

La dynamique moléculaire est une façon de simuler des atomes et des molécules sur un ordinateur. Elle fait avancer les équations de Newton avec des champs de force empiriques, en général par pas de temps de l’ordre de la femtoseconde. C’est le cheval de trait de la chimie computationnelle.

L’échelon de l’atome utilise le chiffre standard tout-atome d’environ mille opérations par atome et par pas de femtoseconde.

L’échelon de l’atome utilise les opérations par atome et par femtoseconde que les chimistes emploient réellement pour simuler une protéine. La différence est l’échelle. Ils simulent des millions d’atomes pendant des microsecondes. Le bac à sable demande une planète entière sur un siècle.